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保护柱将那些强保留的、不可吸附的化合物截留下来。样品和流动相的过滤可以维护保护柱对化学污染物的吸附容量，能够更长时间的维护柱效。
为什么必须要有分析保护柱呢？
HPLC的移动相中使用各种试剂，其中会混有一些不溶解物质或不纯物质。多数不溶物通过用筛板或膜滤器过滤移动相可以除去，但极细小的粒子会穿过过滤器。此外在移动相调制之后，还有从空气中或容器、人体等处有不溶物、不纯物落入的可能性。这些不溶物、不纯物根据不同的分析目的，会污染柱、或使堵塞、或给分析带来不良影响等。这时通过在色谱柱前安装分析保护柱可以防止其产生，能起保护色谱柱的作用。
分析保护柱的作用
分析保护柱作用为预先拦截将被色谱柱牢固吸附，不能被流动相所洗涤的物质。分析保护柱的填料通常使用与色谱柱相同之物，这是由于分析柱的损伤在多数场合只是分析柱入口侧的一小部分填料。恒谱生建议您可以有效地利用分析保护柱，以延长色谱柱的寿命。